사업분야

Omics Analysis

3세대 시퀀싱 기반 Long-read 유전체 조립

Long-read 기반 유전체 조립(Long reads–based assembly)은 ONT, PacBio 등 3세대 시퀀싱 기술로부터 생산되는 수 kb에서 수십 kb에 이르는 긴 염기서열 정보를 기반으로, 반복 서열과 복잡한 유전체 구간을 직접 관통하여 contig 수준의 유전체를 구성하는 de novo 조립 기술입니다. 단편적인 short-read 기반 분석의 한계를 효과적으로 극복할 수 있어 유전자 구조와 반복 영역을 보다 정확히 복원할 수 있으며, 고연속성·고정확도의 genome assembly와 구조 변이 분석의 핵심 기반으로 활용됩니다.

구분 Short reads–based assembly Long reads–based assembly
사용 시퀀싱 기술 Illumina 등 2세대 시퀀싱 ONT, PacBio 등 3세대 시퀀싱
읽기 길이 100 ~ 300 bp 수 kb ~ 수십 kb
반복 서열 처리 반복 구간에서 단편화 발생 반복 서열을 직접 관통 가능
contig 연속성 낮음 (fragmented) 높음 (highly contiguous)
scaffold 의존성 매우 높음 상대적으로 낮음
misassembly 위험 반복 영역에서 높음 구조적으로 낮음
유전자 구조 예측 부분적·불완전 정확한 exon–intron 구조 복원
구조 변이(SV) 분석 제한적 대규모 SV 정밀 탐지 가능
염색체 수준 조립 단독으로는 어려움 Hi-C 결합 시 매우 효과적
대표 활용 분야 초안 조립, SNP 분석 Reference genome 구축, 판지놈, 구조 분석
최종 유전체 품질 draft 수준 high-quality / chromosome-level 가능

(염색체 수준) 유전체 품질 고도화를 위한, Hi-C 분석

Hi-C(High-throughput chromosome conformation capture)은 염색질의 3차원 구조 정보를 기반으로 contig 수준의 유전체를 염색체 단위로 연결하는 scaffolding 기술입니다. 유전자 위치 관계와 구조 변이를 정확히 파악할 수 있어 고품질 genome assembly와 구조 분석에 활용됩니다.

  • 유전체 구조, 위치 해석의 효율성 향상
  • Assembly 과정의 오류 수정 및 정확도 개선
  • 염색체 수준의 Reference Genome Assembly 제공

차별화된 기술 경쟁력

01
다양한 생물종 분석 역량
다양한 생물종 분석 역량

동·식물 등 다양한 생물종에 대한 분석 경험을 바탕으로 종 특성에 최적화된 맞춤형 분석 서비스를 제공합니다.

02
고정밀 Scaffolding
고정밀 Scaffolding

이중 공정으로 고신뢰 proximity 정보를 확보해 정확한 유전체 스캐폴딩을 제공하며 안정적으로 수행합니다

03
Analysis-ready 데이터 제공
Analysis-ready 데이터 제공

추가 전처리 없이 즉시 분석이 가능하도록 품질 검증과 정리가 완료된 분석 준비형 데이터를 제공합니다.

04
실험 설계부터 결과 해석까지 전주기 맞춤 컨설팅
전 과정 맞춤 컨설팅

실험 기획, 라이브러리 설계, 분석 전략 수립부터 결과 해석까지 전 과정을 아우르는 전문 컨설팅을 제공합니다.

데이터 기반 활용 시나리오

  • 종합적인 유전체 연구 가능
  • 유전자 조절 및 관련 네트워크 연구
  • 세포 분화 및 생물 진화 연구
  • 질병 관련 연구 및 응용

Hi-C를 넘어, Haplotype-resolved Genome Construction

HGC는 부모로부터 물려받은 두 개의 유전자 사본을 구분해 각 haplotype별로 염색체 구조를 정밀하게 복원하는 기술입니다.
유전 변이 해석 정확도를 높여 기능 유전체 연구와 정밀 육종에 활용됩니다.

고품질 분석을 위한 End-to-End 프로세스

1
High-quality long reads data
2
Construct a draft assembly with heterozygous
3
Haplotype separation and contig assembly
4
Hi-C scaffolding
5
Post-processing

권장 샘플 조건

Library type Result Platform Read length Sample type*
WGS Contig assembly PacBio Revio or Nanopore PromethION N50 15kb~, 70X Frozen tissue or HMW gDNA
Hi-C Chromosome-level scaffolding Illumina PE 150bp, 70X Frozen tissue
RNA-Seq Genome annotation Illumina PE 100bp, 20Gb / 4 tissues Frozen tissue or total RNA

접수된 샘플은 품질 검사(QC) 후 진행 여부를 안내드립니다.

"실험 설계부터 샘플 준비, 분석까지 전 과정에 대한 전문 상담을 제공합니다."